扎藏寺始建于东汉末年，距今已有1775年历史，为安多十六寺之一。 唐代贞观年间，文成公主进藏途中路过日月山时，该寺的僧人聚众去迎接文成公主，并请文成公主到寺院留宿作客。虔诚信佛的公主听说附近有一座佛寺，很是高兴，于是将随身携带的一串珊瑚念珠和金戒指、金钗等赠给寺院，留作纪念。从此以后，扎藏寺名声大震，四方僧人，八方信徒，纷纷来此顶礼膜拜，集会讲经，香火大为兴盛。到了宋代，青海东部成为西夏属地，青海湖周围被蒙古族所占，扎藏寺遂成青海蒙古族的佛寺。 蒙古人还在莫尔吉河对面的山头上修了一座颇为壮观的静房，名叫“塔燕静房。明崇祯十年，蒙古王顾始汗从新疆进军青海，继而进兵西藏，消灭了在青藏地区信仰道教的各派势力，并在蒙藏族中大力弘扬黄教。顾始汗还将塔燕静房与扎藏寺合并为一，统称为“扎藏克噶旦群卜楞，从些，扎藏寺成了青海蒙古族信奉黄教的首寺。 清康熙三十六年，扎藏寺又成了清朝政府联络青海蒙藏头领的中心。当时，清政府和青海蒙古各王公在扎藏寺设有公署和办事机构，因此，扎藏寺又成了政教合一的官府机构，从而使得扎藏寺规模日趋宏大，声名远播四方。至清朝末年，扎藏寺内除经堂、佛殿、僧舍数百间以外，还有富丽堂皇的官邸、衙门等，可谓鼎盛一时，繁华至极。扎藏寺之所以备受历代高僧和官府的青睐，是因为它有着重要的自然环境和地理位置。扎藏寺地处要冲，自古以来就是通往青海湖北岸的交通要道。早年间，这一带的山川到处是树木，遍地是灌丛，环境十分优美，景色异常迷人。 特别是盛夏季节，这里翠绿的山林美丽至极。只见茂密的松树犹如一把把撑天的巨伞昂然挺立，重重叠叠的桦林间，盛开着无数野花，红、黄、蓝、白、紫，鲜艳夺目、五彩缤纷的花朵，招引得蜂飞蝶舞，鸟鸣莺唱。而山林之下，百泉喷涌，溪水潺潺，真可以称得上是一个山青水秀的好地方。因此，过去曾有人作诗赞道：“一峰高过千山顶，二龙戏珠天地间;翠林红霞映红日，香炉桑烟遥相照、“南檐纳日冬天暖，北户迎风夏日凉;“山色千寻常耸绿，石泉万斛自奔流。足见其环境之幽，风景之美。 扎藏寺作为青海蒙古族的重寺，有过兴盛，也有过衰败。特别是明清以来，几代达赖喇嘛和班禅喇嘛对它十分推崇，曾多次亲临寺院讲经朝拜，广发布施。封建王朝和封建王公对它也很重视，不断捐资赠款，大加扩建，致使该寺声望骤增，规模日渐宏大。最鼎盛时曾有殿堂百座，庙宇千间，僧舍成片。其中，最为辉煌的是位于寺院正中的大殿和依山傍水而建的大小经堂。其建筑设计巧妙，布局合理，建筑精良，装饰华丽。寺内珍宝繁富，文物众多，典籍广博，为周围寺院所不及。 到了清雍正二年，青海蒙古族首领罗卜藏丹津以丹噶尔和扎藏寺为据点，起兵反抗清廷。清政府委派大将年羹尧率兵镇压，罗卜藏丹津抵抗不过，最后骑一单峰驼由湟源逃往新疆。扎藏寺因此遭到兵燹，大部分建筑被焚毁。原先繁华兴旺的寺院立即变得冷落萧条起来。清乾隆八年，清政府派大臣复查西北各寺院时乾隆帝得知扎藏寺被劫毁，便下令重新恢复该寺，并亲笔御赐“佛光普照的匾额赠给该寺。 可是，到了清同治年间，河湟一带的回族发动反清起义，结果使扎藏寺受到毁灭性的破坏。当时，除该寺的大庙外，其余大小经堂全部被烧毁，寺内保存的珍贵文物及历史典籍等全部化为灰烬。至清光绪年间，扎藏寺才得以重建，但规模远没有过去那么宏大壮观。人们只在大庙院内新修了3间小经堂，寺院附近又修了贝勒、柯柯、贝子等7个王府。即正门前为大经堂，两侧是耳楼，经堂后面则是玲珑剔透的小寺。